La Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano se funda en 1954 como respuesta tanto al momento histórico como a las necesidades que en recursos naturales tenía el país. Los estragos de la violencia, la dictadura de Rojas Pinilla y la crisis de la Universidad indujeron a Joaquín Molano Campuzano, Javier Pulgar Vidal y Jaime Forero Valdés a crear una institución que formara "generaciones nuevas desprovistas de sectarismo, fanatismo y odio, con una conciencia plena sobre el valor inconmensurable de los recursos humanos y naturales" (J. Molano). El 5 de febrero de 1954 fundan entonces la Tadeo con el objetivo de "continuar la obra cultural y científica comenzada por la Expedición Botánica".

Inicia labores en 1955 con la Facultad Indoamericana de Recursos Naturales, la Facultad de Geografía, Cartografía y Topografía y la Facultad de Economía, Estadística y Administración, finalizando la década, en el 59 se crea el Instituto de Diplomacia y Relaciones Internacionales. Siete años después, en 1962 la Facultad de Ciencias del Mar comienza la enseñanza de la Acuicultura y la Oceanografía en Colombia. En estos primeros años además de las facultades mencionadas, la universidad incorpora a sus fueros la "Universidad Femenina La Bordadita" (1957) que como su nombre lo indica era exclusivamente para mujeres, contaba con la facultad de Filosofía y Letras, La Escuela de Traductoras, La Escuela de Dibujo Arquitectónico, Decoración y Propaganda y el Instituto de Arte; posteriormente (1959 - 1964) "La Bordadita" será el Instituto Superior Femenino", con las mismas escuelas e institutos además de la de Periodismo. Con estas Facultades la Universidad comienza su historia en la "Casa Vieja" situada en la esquina de la Cra. 7ª con Calle 24.

El nombre de Jorge Tadeo Lozano se explica por ser la Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada el paradigma que alentó a los fundadores, por los méritos académicos y científicos, pues Jorge Tadeo Lozano estuvo vinculado no sólo a la expedición como zoólogo, sino también lo estuvo, con el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario en la cátedra de química y por participar activamente en la causa de la Independencia Neogranadina, y además por ser Joaquín Molano descendiente de Joaquín Gómez Hoyos esposo de María Tadea Lozano e Isasi, viuda de Jorge Tadeo Lozano.

En los años 60 se marcó la consolidación de la Universidad en lo académico y en su infraestructura. Se fundan las Facultades de Agrología (1960), Contaduría (1961), Administración de Empresas (1962), Bellas Artes, Diseño Gráfico y Decoración y Dibujo Arquitectónico (1967) -termina en 1991 y comienza Diseño y Desarrollo de Espacios Interiores que a partir de 1994 comienza a llamarse Arquitectura de Interiores- , Comercio Internacional y Mercadeo (1968). Por estos años la Universidad se traslada de la Casa Vieja al edificio actual ubicado en la carrera 4a. entre calles 22 y 23; edificio que ha ido creciendo de acuerdo a las demandas propias de una institución universitaria: la investigación, el deporte, la cultura, etc. Igualmente funda el Museo del Mar, crea el Bienestar Estudiantil y el Departamento de Investigaciones Científicas.

Hacia los 70, la Tadeo abre sus puertas en Cartagena (1975), con los programas de Biología Marina, Arquitectura, Comercio Exterior y Administración Turística. Crea las Facultades de Comunicación Social en 1971 y la de Administración de Sistemas de Información en 1972; a la primera se sumó muy pronto el departamento de Audiovisuales y los estudios de televisión en el 73. En 1971 se piensa en una carrera tecnológica para el manejo agropecuario, y en 1972 comienza labores la "Tecnología en Administración Agropecuaria" (en 1992 se convierte en carrera profesional), de los años 70 también la Facultad de Ingeniería de Alimentos que inició labores en 1971, Sistematización de Datos en 1972 y en el año 1974 de Diseño Industrial.

La investigación se hace presente en estos años con el Centro de Investigaciones Económicas -CIE-, el Centro de Investigaciones sobre Mercadeo Agropecuario -CEIMA- y el Centro de Investigaciones Científicas. Los dos primeros no llegaron a la década, el tercero continúa trabajando por y para la investigación en la dimensión ambiental. Actualmente la Universidad comienza a abrirse a otras posibilidades y a tocar nuevos ámbitos en la investigación que podría verse como un nuevo entendimiento de lo "ambiental", es decir, se hacen intentos por acoger dentro de este contexto lo social -los jóvenes, la historia, la cultura...- y organiza actividades como el Simposio Internacional sobre Investigación Científica - una visión interdisciplinaria- (1993).

Los años 80 y los 90 están marcados por el Bicentenario de la Expedición Botánica (1783-1983), de donde surge la creación de las tres Areas Académicas que actualmente desarrolla la Universidad, y que fueran las tres áreas atendidas, directa o indirectamente por la Expedición Botánica: los recursos naturales, la economía y las artes. La Universidad crea entonces el Area de Ingeniería y Recursos Naturales, formada por Administración Agropecuaria, Biología Marina, Ingeniería de Alimentos, Agrología e Ingeniería Geográfica. El Área de Derecho y Sistemas Económico Administrativos, conformada por Derecho, Administración de Empresas, Administración de Sistemas de Información, Comercio Internacional, Contaduría Pública, Economía, Mercadeo, Relaciones Internacionales, Administración de Comercio Exterior y Administración de Empresas Turísticas, las dos últimas en Cartagena y el Area de Arte, Diseño y Comunicación, con los programas de Arquitectura (Cartagena), Arquitectura de Interiores, Bellas Artes, Comunicación Social (Bogotá y Cartagena), Diseño Gráfico (Bogotá y Cartagena) Diseño Industrial y Publicidad.

Por estos años se abre también la sede de Biología Marina en Santa Marta, la Sistematización se fortalece con el centro de cómputo, la investigación se refuerza con estudios como el seguimiento del Corazón de Ballenas vía satélite, SCVS; se lleva a cabo la Renovación Curricular de Pregrado y se forma y consolida la Vicerrectoría de Postgrado que inicia labores con tres especializaciones: Comercio Internacional, Mercadeo Agropecuario y Planificación del Desarrollo. Progresivamente los postgrados y especializaciones han ido creciendo y diversificando sus propuestas al Area de la Salud y al Medio Ambiente, entre otras.

El desarrollo físico es otro hito importante de esta época no sólo para la Universidad, el Barrio las Nieves donde está situada, se ha visto también beneficiado por ello a nivel físico y social, ha servido además para ir estructurando un eje cultural que incluye la Biblioteca Nacional, el Museo de Arte Moderno, la Universidad Central y la Universidad de los Andes.

A finales de 1999, en el nuevo Campus del Caribe, (Cartagena 4 y 5 de diciembre) se aprobó una reforma radical de la Universidad. Se adoptó un Proyecto Educativo Institucional (PEI) integral, del cual se desprendió una nueva estructura organizacional, cambios en los currículos, el establecimiento del Sistema de Créditos Académicos en lugar del pénsum rígido, y la aprobación del Estatuto Docente para regular las relaciones entre la Universidad y sus profesores.

Con la elección de Jaime Pinzón López como Rector en febrero de 2000, la institución comenzó su preparación para optar a la acreditación de sus programas académicos. El nuevo milenio inauguró un período cuyo objetivo primordial es "el engrandecimiento de horizontes a través de la formación de individuos comprometidos con la producción de conocimientos y con la equilibrada transformación social", dueños de "una conciencia crítica, social y política, abierta justa y libre, que le[s] otorgue legitimidad y fuerza moral ante la sociedad, para que contribuya[n] a la consolidación y fortalecimiento de la cultura, a la transmisión y generación de los saberes" .

Para lograrlo, los programas de pregrado reformulados han incorporando una fundamentación humanística, una fundamentación técnica y el saber específico de cada carrera, se incentiva la investigación y el aprendizaje del inglés se ha hecho obligatorio. Se incorporaron profesores de tiempo completo a todas las facultades y se adoptaron estatutos y reglamentos para profesores y alumnos, más acordes con la nueva estructura de la Universidad. En desarrollo de su misión primigenia de "continuar con la obra cultural y científica de la Expedición Botánica", se crearon dos nuevas carreras de pregrado: Biología Ambiental y Biología Vegetal (2000); además, se inauguran seis tecnologías en las áreas de manejo y conservación de cosechas y alimentos, producción en medios audiovisuales, y exportaciones e importaciones (2001). Igualmente se han abierto nuevos estudios de postgrado, para un total de 29 programas, 18 de ellos se cursan en Bogotá y 11 en diferentes regiones del país.

Se construyó un nuevo edificio para la biblioteca, el cual es uno de los más modernos y adecuados del país, con capacidad para albergar una numerosa colección y atender diariamente a cerca de 3.000 personas; el Archivo General de la Universidad como centro de información, las aulas virtuales que permiten el intercambio de cultura y conocimientos entre las sedes de Cartagena y Santa Marta y con otras organizaciones en el país y en el exterior, y el Centro de Estudios en Tecnologías de la Información, se constituyen en símbolos de identidad actual y proyección futura de la Institución.